Początkowo mała osada rybacka, w 1102 r. zmieniona ufortyfikowaną osadę handlową .
W 1353 r. Alghero zostało zdobyte przez Aragończyków. Gdy 20 lat później rdzenni mieszkańcy zbudowali się przeciwko nim, hiszpański król Piotr IV po stłumieniu buntu nakazał wypędzenie ich z Alghero. W 1372 r. przesiedlono tu Katalończyków, pozostała po nich nie charakterystyczna zabudowa starówki, ale także język, w XVII w. uznany za oficjalny język w mieście. Wciąż zresztą żywy - ponoć 25% mieszkańców wciąż się nim posługuje, a 60% rozumie.
Hiszpańscy Habsburgowie władali miastem do 1702 r. W 1720 r. Alghero przejęła dynastia sabaudzka z Piemontu…