Nakovana to miejsce zamieszkałe od 8000 lat. Na przełomie II i I wieku p.n.e. żyli tam Ilirowie. Ich główna osada mieściła się na wzgórzu zwanym ‘Grad’ (miasto). Liczne kamienne wzniesienia rozproszone wokół ‘miasta’ kryją w sobie miejsca pochówku wodzów i arystokratów, jaskinie natomiast kryją ich sanktuaria. Płaskowyż mający 350 metrów stanowi ważny punkt geo-strategiczny, z którego można monitorować cały Południowy Adriatyk. Ulokowany na skrawku żyznej gleby, rozpościerając przed sobą imponujące widoki płaskowyż, jest prawie całkowicie otoczony wysokimi (nawet 20m) klifami.
Najstarsze ślady osadnicze ‘miasta’ datuje się na schyłek epoki brązu i początek żelaza. Ostatnie stulecia p.n.e. to czas panowania lokalnych władców Iliryjskich płaskowyżu Nakovana. Strome południowe zbocze stanowiło jedyny dostęp do fortu, który chroniony był przez mury i wrota. Obecnie spoczywa on pod stertą gruzu.
Do około XVIII wieku ‘Grad’ pełnił funkcję schronu, dla uchodźców z osady Nakovana terroryzowanych przez piratów. Ciała zamordowanych wodzów Iliryjskich chowane były pod kopcami kamiennymi. Każdy kopiec krył w sobie jeden bądź kilka grobowców. Wraz z ciałami zmarłych często kryto w grobowcach liczne rzeczy wartościowe, tj. naczynia, biżuterię lub broń. Niestety w związku ze skarbami, jakie kryły w sobie grobowce, stały się one już dawno łupem bezwzględnych złodziei.
Jaskinia Spila składa się z kilku komnat o łącznej długości 65 metrów. Prehistoryczni mieszkańcy płaskowyżu Nakovana wykorzystali dobrze oświetlone, przestronne wejście jako okazjonalnego schronienia, od początku ery neolitu (od VI do II wieku p.n.e.).
W ostatnich stuleciach przed nasza erą Ilirowie z ‘Grad’ wykorzystywali skryte, ciemne wnętrze jaskini jako sanktuarium. Organizowali tam rytuały i umieszczali ofiary przed fallicznymi stalagmitami. Niestety później wejście do sanktuarium zostało zablokowane i zapomniane.
Po najazdach Rzymian opisywane teren został tymczasowo opuszczony. Wioska Nakovana powstała na tych terenach w średniowieczu, a wspomniano o niej po raz pierwszy w XIV wieku n.e. jako o najlepiej rozwiniętej osadzie na półwyspie Pelješac. W XIX w. Nakovana była częścią Republiki Dubrownickiej i cierpiała z powodu licznych ataków piratów.
Podczas II Wojny Światowej Donja Nakovana została doszczętnie zniszczona przez armię włoską, a półwysep znalazł się pod okupacją niemiecką. Większość populacji szukała schronienia na egipskiej Saharze.
Miejscem godnym uwagi w rejonach osady Nakovana jest kościół Narodzenia Najświętszej Marii Panny. Po raz pierwszy wspomniano o nim w XIV wieku, jednak prawdopodobnie liczy kilkaset lat więcej i uważany jest za jeden z najstarszych w okolicy, w którym wciąż odbywają się obrzędy.
Warto wspomnieć, że z Nakovana pochodzi wielu ważnych ludzi tj. Ivan Lupis-Vukic – wynalazca torpedy, czy Pavle Lupis – pierwszy Chorwat w Nowej Zelandii.